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フリーランスエンジニア
経費チェックリスト

小川将司
小川将司代表取締役

SES経営者として数百人のフリーランス転向相談に関わってきた実績をもとに解説

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この記事でわかること

  • SES常駐フリーランス固有の経費は『客先交通費・自宅作業按分・セキュリティ系の二重負担』の3点で判断を間違えやすい
  • 経費率の業界実態は10〜30%。みなし仕入率50%が税務調査の警戒ラインで、単価70万円なら年間経費84万円を超え始めると注意
  • 家賃按分は床面積か時間比率で30〜40%が実務目安。常駐100%・在宅作業ゼロなら家賃は計上不可
  • 税理士は年商700〜800万円で顧問契約の損益分岐に乗る。それ未満は会計ソフトとスポット相談で十分

この記事の対象: SES常駐フリーランスに転向して1〜3年目の、確定申告と経費の判断に迷っているエンジニア

SESから独立して2年目、ある相談者からこう聞かれた。「客先に毎日通っているのに、交通費を自分で払って経費に入れていいのか分からない」。別の相談者は逆に、家賃80%を経費に入れて経費率65%になっていた。

この記事ではSES常駐フリーランス特有の経費判断を整理する。一般的な「経費一覧」記事は無数にあるが、客先常駐×在宅のハイブリッド、客先交通費、セキュリティソフトの按分まで踏み込んだ記事はほとんどない。

Heydayの相談者には「経費を入れなさすぎて損している人」と「入れすぎて否認された人」がほぼ同じ頻度でいる。その境界線を実額と按分の根拠で示す。


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1. フリーランスエンジニアの経費の基本

経費の定義は「事業の遂行上必要」かどうか

所得税法上、経費として認められるのは「収入を得るために直接必要な費用」と「業務上必要な費用」だけ。判断基準は「その支出がなければ売上が立たなかったか」「業務との関連を客観的に説明できるか」の2点だ。

SES常駐フリーランスが判断を間違えやすい3つの理由

  1. 客先勤務時間が長く自宅作業の比率が低い: 平日10時間客先・自宅数時間しかない人が家賃50%按分するのは合理性が乏しい。
  2. 業務委託契約だが実態は「通勤」に近い: 客先定期券を経費にしていいのか、給与所得者の非課税通勤手当(月15万円)と混同しやすい。
  3. 端末・セキュリティの二重負担: 客先支給PC以外に、自宅用業務PCとセキュリティソフトが必要なケースがある。

この3つを意識せずに「経費一覧」をそのまま当てはめると、按分根拠が崩れて否認される確率が上がる。

判断は「説明できるか」で決まる

税務調査で問われるのは領収書の有無ではない。「なぜその支出が事業に必要だったか」を客観的根拠で説明できるかどうかだ。スマホ通信費50%按分なら業務時間と私用時間の記録、書籍代なら業務関連性のメモ、飲食費なら参加者・目的のメモが要る。「なんとなく」で処理している人は、経費が多くなくても狙われる。


2. SES常駐エンジニア特有の経費チェックリスト

項目別に、SES常駐特有の判断ポイントを注記する。

デバイス・周辺機器

ノートPC、外部モニター、キーボード、ヘッドセット、ルーター、外付けSSD、プリンター。

SES常駐の判断: 客先支給PCがあるケースでは自宅PCの位置づけが曖昧になりやすい。「自宅で技術調査・学習・副業に使う」用途が明確なら経費可。「ゲーム用と兼用」なら按分または計上見送りが安全。

ソフトウェア・クラウドサービス

JetBrains IDE、GitHub有料、AWS/GCP個人検証用、Figma、Notion、ChatGPT Plus、Claude Pro、Cursor Pro、セキュリティソフト。

SES常駐の判断: 客先で生成AI利用が制限されている場合、自宅契約のサブスクは「業務遂行に必要」と説明しやすい。客先で同等ツール提供があるなら按分。

書籍・学習費

技術書、Udemy・Courseraなどのオンライン講座、勉強会・カンファレンス参加費、資格試験受験料。

SES常駐の判断: 「現案件に直接使わない技術書」もキャリアの幅を広げる目的なら経費可。月3万円超の書籍購入が連続するなら書籍ログ(書籍名・購入日・業務関連メモ)を残す。

通信・交通費

客先への交通費、インターネット回線、スマートフォン通信費、出張宿泊費、営業活動での移動費。

SES常駐の判断: 最も誤解が多い項目。次節の按分判断を参照。

その他

コワーキング、会計ソフト(freee・マネーフォワード)、名刺、税理士相談料、文房具、取引先との打ち合わせ飲食費。

SES常駐の判断: コワーキングは「客先以外の作業場所」として位置づけると経費化しやすい。利用ログ(日付・作業内容)を残すと根拠になる。


3. 按分が必要な経費の判断基準

客先への交通費は全額経費にできる

会社員時代の通勤手当(月15万円まで非課税)と混同して悩む人が多いが、フリーランスに通勤という概念はない。客先は取引先であり、移動費は旅費交通費として全額経費計上できる。

注意点は2つ。

  1. 業務委託契約で交通費が「報酬込み」か「別途支給」かを確認する。別途支給は立替金処理(受け取った金額は課税売上)。
  2. 私用兼用の移動は按分する。客先帰りの私用買い物まで全額計上は根拠が弱い。

定期券は全額旅費交通費。Suicaチャージはログ(日付・区間・金額・目的)を残せば十分な記録になる。

家賃按分は「床面積」または「時間比率」

  • 床面積按分: 自宅50平米のうち10平米を業務専用 → 20%
  • 時間比率按分: 平日2時間×週5日 ÷ 168時間 → 約6%

SES常駐の実態に合わせると、家賃按分の合理的な範囲は20〜35%。床面積で計算するのが税務署に最も理解されやすい。

ただし、平日10時間客先で稼働し自宅で一切業務をしていない人は家賃按分ゼロ。「土日に勉強している」だけでは弱く、技術調査・経理・営業など事業活動と言える作業を自宅で行っている根拠が必要だ。

通信費の按分は「業務時間比率」

スマホとインターネット回線は業務と私用が混在する典型項目。

  • スマートフォン: 業務利用30〜50%(業務連絡・Slack利用がある場合)
  • 自宅回線: 業務利用30〜50%(在宅作業時間に応じて)

通達上、業務利用50%超なら経費として認められやすい。50%以下でも合理的基準で算出できれば計上可能。**「直近1ヶ月の業務時間と私用時間をログに残して比率を出す」**のがおすすめ。1ヶ月実測すれば以降同比率を適用できる。

セキュリティソフトと端末の二重負担

客先支給PCには会社のセキュリティ対策が入っているが、自宅PCは別途自分で導入が必要。このソフトは自宅PCの業務按分率と同じ比率で計上するのが筋。例: 自宅PC業務利用率40%なら、セキュリティソフト年8,000円の40%=3,200円を経費に。

按分率は項目間で整合させるのが基本。自宅PCの按分率とソフトの按分率がズレていると説明が苦しくなる。

飲食費は「目的・参加者」のメモが命

取引先との打ち合わせ飲食費は接待交際費として経費可。ただしSES常駐では「同じ現場メンバーとの飲み会」の扱いが分かれる。

  • 経費可: 元請SES・エンドクライアント担当者との会食、業務改善議論を伴う会食
  • 経費不可: 同業フリーランス同士の親睦目的の飲み会、家族・友人との食事

領収書の裏に**「日付・参加者・目的・話した業務内容」を必ずメモする**。このメモの有無で調査時の判断が変わる。


4. 経費率と税務調査リスク(50%ラインの実態)

経費率の業界実態は10〜30%

エンジニアは「PC1台と頭脳」で売上が立つため経費が積み上がりにくい。

  • 5〜10%: 在宅作業ゼロの常駐フリーランス
  • 10〜20%: 一般的なSES常駐(家賃按分20%+通信+書籍+ソフト)
  • 20〜30%: 在宅併用、自己投資が多い人
  • 30〜50%: 在宅100%、複数案件、機材投資が大きい人

税務調査の警戒ラインは「みなし仕入率50%」

消費税の簡易課税制度でフリーランスエンジニアは第5種事業(サービス業)に分類され、みなし仕入率は50%。国税庁の「サービス業の標準的な経費率」の見立てに基づく数字だ。

経費率が50%を超えると業種平均より高いと判定され、税務調査対象になりやすい

単価別の実額イメージ

月単価年間売上経費率50%経費率30%
60万円720万円360万円216万円
70万円840万円420万円252万円
80万円960万円480万円288万円
100万円1,200万円600万円360万円

単価70万円で年経費420万円は月35万円。家賃按分・通信費・書籍・ソフト・交通費を全部足してもSES常駐でこの水準は特殊だ。目安として、SES常駐の年経費は「単価×1〜2ヶ月分」に収まることが多い。単価70万円なら年70〜140万円、単価100万円なら年100〜200万円が相談者の中央値。

経費率が低すぎる人の機会損失

逆に低すぎる人もいる。単価70万円・年商840万円で経費年50万円(経費率6%)の相談者を見た。本来計上できる項目を合算すれば年120〜150万円は経費にできた。差額70〜100万円を経費計上できれば、所得税・住民税で年20〜30万円の節税。3年放置で60〜90万円の機会損失。経費を入れすぎるリスクと入れなさすぎるリスクは、ほぼ同じ大きさで存在する。


5. 経費計上で失敗するパターン(実例)

相談者の事例を匿名化して紹介する。

ケース1: 家賃の80%按分が否認

30代Web系、客先常駐3日・在宅2日。家賃15万円の80%(12万円)を業務按分し年144万円を計上。「客先稼働が多い人が家賃80%を業務に使っているとは認められない」「業務専用スペースの間取り図・写真がない」として否認。按分率30%に修正され、追徴課税約40万円。

ケース2: 同僚との飲み会を交際費計上

40代インフラ。SES常駐先の同僚(業務委託)との飲み会を月3〜4回・年50万円計上。「同じ現場メンバーとの飲み会は業務遂行に直接必要な接待ではない」「領収書メモが『親睦会』のみで業務議論の記録なし」として40万円分否認、追徴課税約12万円。同じ場でも「元請社員と業務改善を議論した会食」は認められた。

ケース3: 通信費100%計上で按分根拠なし

20代Webアプリ。スマホと回線を両方100%計上、「業務で使うから」という主観のみ。「業務と私用の区別が不明、合理的按分根拠が示せない」としてスマホ50%・回線40%まで減額、追徴課税約8万円。

ケース4: 書籍代の月平均5万円が私的読書と判定

50代SE。技術書・ビジネス書を月5万円・年60万円計上していたが、購入リストに小説・自己啓発書・趣味本が混在。技術書20万円のみ認められ40万円分が否認、追徴課税約12万円。書籍ログがあれば防げたケース。

共通する失敗の構造

4ケースに共通するのは**「合理的な根拠の記録がなかった」点だ。家賃は業務スペースの間取り図・写真、飲食費は領収書裏の参加者・目的メモ、通信費は業務と私用の時間ログ、書籍は書籍名と業務関連性のメモ。「なぜその金額・按分率なのか」を説明できる記録の有無**が結果を分ける。


6. 税理士に頼むべき年収ラインと費用対効果

税理士の費用相場

  • 月次顧問: 月1〜2万円 + 確定申告5〜10万円(年17〜34万円)
  • スポット契約(確定申告のみ): 5〜15万円
  • 記帳代行込み: 月2〜3万円 + 確定申告10万円(年34〜46万円)

損益分岐ラインは「年商700〜800万円」

  1. 節税額が顧問料を上回る: 経費取りこぼし防止+青色65万円控除の確実適用+小規模企業共済活用で年20〜30万円の節税。顧問料10〜15万円を引いても年10万円以上のリターン。
  2. 時間対効果が逆転する: 月10時間×12ヶ月=120時間を経理に使う代わりに稼働や学習に回せる。時給5,000円換算で年60万円の機会創出。
  3. 税務調査時の安心料: 税理士の電子署名つき申告書は税務署の信頼度が上がり、調査選定確率が下がるという業界の見方がある。

年商700万円未満は自力+スポット相談で十分

年商700万円未満(月単価60万円程度)は会計ソフト+確定申告前のスポット相談(1〜3万円)で十分。会計ソフト年2〜3万円+スポット1〜3万円=合計年4〜6万円で初年度〜2年目は回せる。

年商1,000万円超は法人化も検討

年商1,000万円超で消費税の課税事業者となり経理が一気に複雑化する。このラインを超えたら税理士契約と並行して法人化(マイクロ法人)も検討するのが定石。所得税率と法人税率の逆転点・社会保険料・役員報酬設計は税理士と一緒に判断する必要がある。


7. まとめ:経費より大事な「単価を上げる視点」

経費最適化で得られる節税効果は年20〜50万円が現実的な上限。一方、単価を月10万円上げれば年120万円の手取り増、所得税・住民税を引いても約80万円増。経費最適化の2〜4倍の効果だ。

経費の知識はフリーランス1〜3年目で身につけるべき基礎スキルだが、経費を月3万円増やそうと領収書を集める時間があるなら、自分の単価を市場と比較し交渉材料を作る方が経済合理性が高い。経費は守りの節税、攻めの節税は単価交渉。経費判断と同じくらい、市場単価が業界水準と比べて適正かを定期的に確認することをお勧めする。



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よくある質問

Q1. 客先常駐先への定期券代は全額経費にできますか?

できます。フリーランスは取引先への移動費として旅費交通費に全額計上可能です。業務委託契約で交通費が報酬と別途支給されている場合は立替金処理になります。

Q2. 自宅で一切作業しない常駐フリーランスでも家賃按分できますか?

できません。家賃按分は「自宅で事業活動を行っている」ことが前提です。技術調査・経理事務・営業活動など事業性のある作業を自宅で行っている根拠が必要です。

Q3. 経費率が何%を超えたら税務調査が来ますか?

明確な閾値は公表されていませんが、業界実務では経費率50%超が警戒ラインです。エンジニアの実態値は10〜30%が中央帯のため、それを大きく外れる場合は根拠整備が重要です。


本記事は税務・確定申告の一般的な情報を整理したものです。個別の判断は必ず税理士・税務署に確認してください。

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この記事の著者

小川将司
小川将司

Heyday株式会社 代表取締役

SES経営者として数百人のフリーランス転向相談に関わってきた実績をもとに解説

Heyday株式会社 代表取締役。エンジニア・PM/PdMを経験後、SES事業を創業。複数クライアント現場でAI導入コンサルティングを担当。「ITをもっとフェアに」を掲げ、マージン構造の開示に取り組む。

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